La hidrografía de La Calera pertenece a las Vertientes del Magdalena y del Meta. Dos ríos surcan el municipio El Teusacá y El Río Blanco.
Río Teusacá: Nace en la Laguna del Verjón situada en el cerro de Monserrate y desemboca en el río Funza o Bogotá. Numerosas quebradas aumentan su caudal, siendo las más importantes la del Hato, Marmaja, Cara de perro, Carrizal, Chocolatero, Cirujano, San Isidro, Siecha, Simayá y Aguas Claras.
Río Blanco: Nace en la laguna de Buitrago en límites con el Municipio de Guasca, recibiendo en su trayecto quebradas bastante caudalosas como son: La Marmaja, La Ramada, Calostros, Jaboncillo que se forma por la unión de las quebradas Chocolatero y Palacio. El río Blanco da sus aguas al río Negro en el sitio de la Unión. En la quebrada Jaboncillo se presenta una caída, que podría ser aprovechada para dotar de energía eléctrica a las Veredas de Mundo Nuevo y La Polonia.
Sobre la quebrada de Palacio hay un pequeño puente natural de unos 8 metros de largo y 3 de ancho. El agua rompió una enorme roca en cuyas profundidades habitan unas aves nocturnas que los habitantes de la región denominan "Guacos"; de estos animales los indígenas obtenían una grasa que usaban como medicamento.
Lagunas: Se encuentran entre las más importantes la de Buitrago, La Brava y la de los Patos.